本所置有鄉長、秘書，並設有五課三室一園一所，即民政課(包含清潔隊及圖書館)、財政課、建設課、觀光農業課、原住民行政課、行政室、主計室、人事室等課室，及鄉立幼兒園、殯葬暨公共造產管理所等附屬單位，分別掌理一切行政措施、地方建設、社會福利等工作，瑞穗鄉公所行政組織系統及各課室職掌表如下圖所示：
