瑞穗鄉設治，始於清咸豐四年（民國前五十八年），沈葆禎治台時隸屬卑南廳，同治元年（民國前五十年）總兵吳光亮實施東政十改隸台東州，由徐賢修武員吳立貴，統率清兵五百人駐屯於水尾（現瑞美國小校址）墾荒屯田，因土地肥沃，聚居日眾，成為東台要津，至民國十四年東線鐵路開通，火車站設於水尾西方一公里半處，附近形成聚居之地，水尾自然分為兩個部落，指稱火車站附近為水尾，原來之水尾稱為舊水尾。
日據時代日本政府鑒於此地稻米結穗累累而以日本神社【豐葦原之瑞穗國】的字句將水尾改稱為瑞穗，民國二十六年實施自治，改為瑞穗庄，設庄役場於瑞穗，隸屬於花蓮港廳，直轄瑞穗（含水尾、舊水尾、打麻園山腳等部落），舞鶴（含掃叭頂、加納納、馬立雲等部落），鶴岡（含烏漏、屋拉力、青山等部落），奇美（原稱猴子山）白川、大和（含加禮灣、乾真巷、大農場、阿羅朗等部落）等地區。
台灣光復後依據政府施政方針，設瑞穗鄉全轄區以分村劃鄰將瑞穗劃分瑞穗、瑞美、瑞良、瑞西（祥）、瑞北、紅葉等六個村，白川劃分為富源、富民、鶴岡、奇美等三村計十六個村。民國三十五年花蓮縣新設立光復鄉及萬榮鄉行政區域重劃，將大和、大豐、大農三個村劃併光復鄉，另紅葉，馬遠二村劃併萬榮鄉。
溫泉部落位於本基地西隅處，瑞穗溫泉旁的瑞祥村聚落，距瑞穗火車站約五公里，屬於秀姑巒阿美族之溫泉部落（Osing）。早在日據時代以前，該部落原居住在現今的萬榮鄉紅葉村（舊名為高藥Koyo），因當時住在深山的太魯閣族（Taroku），經常利用深夜下山至 Koyo竊取農作物及獵人頭，依據老一輩族人的說法，他們所獵下人頭乃是用來祭祀他們的祖先，以求農作物（芋頭、小米…等）的豐收，後因日據時代政府要求太魯閣族人下山居住，若不從就要用武力驅趕下山，遂使得太魯閣族（Taroku）因此下山至 Koyo與阿美族人同一部落，由於阿美族人害怕太魯閣族有獵人頭的習慣，便紛紛逃離至各秀姑巒溪阿美族部落，有的族人則遷移至目前的瑞祥地區形成現在的溫泉部落（Osing）。